養(yǎng)細胞的小伙伴,最怕遇到的,大概就是細胞污染了。
這細菌和真菌污染好辨別,處理起來雖然麻煩,但也不是毫無辦法。相比起來,支原體污染才是防不勝防。
顯微鏡很難捕捉到它們的身影,與細胞共存在同一培養(yǎng)體系下,還跟細胞搶吃搶喝??蓱z弱小又無助的細胞根本不是支原體的對手,只能茍延殘喘,狀態(tài)一代不如一代,導(dǎo)致實驗結(jié)果出現(xiàn)偏差。
多數(shù)情況下,發(fā)現(xiàn)細胞疑似支原體污染,直接丟掉然后清理環(huán)境即可。但在一些特殊實驗,比如:細胞保種、抗體藥生產(chǎn)、疫苗生產(chǎn)或是細胞治療過程中,則需要對細胞例行支原體檢測,以確保細胞的純凈。
支原體常規(guī)檢測法之經(jīng)典法
這里指的是基于經(jīng)典法試劑盒:Venor®Gem qEP的檢測方法。
關(guān)于qPCR大家應(yīng)該都不陌生:
實時熒光定量PCR
Quantitative Real-time PCR
是一種在DNA擴增反應(yīng)中,以熒光化學(xué)物質(zhì)測每次聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法。通過內(nèi)參或者外參法對待測樣品中的特定DNA序列進行定量分析的方法。
在支原體經(jīng)典法檢測試劑盒中,無需RNA提取和反轉(zhuǎn)錄步驟,樣品僅需待檢測的細胞上清或是從上清中提取的DNA。
經(jīng)典法試劑盒:Venor®Gem qEP使用方法
一、樣品制備:
①濃縮:當細胞長至90%時,即可收集上清開始檢測,可對樣品進行適當濃縮。
注:濃縮僅適用于支原體的完整性,避免濃縮前支原體被破壞(如熱滅活)。
②穩(wěn)定:細胞培養(yǎng)樣品可能含有豐富的DNA酶,在低溫下也能降解支原體DNA。因而推薦進行樣品穩(wěn)定化處理。如果立即進行DNA抽提,則忽略這一步。
③DNA 抽提:大量證據(jù)表明,DNA抽提可實現(xiàn)高的靈敏度。DNA抽提有多種方法,但應(yīng)適合支原體基因組。我們推薦:
Venor®GeM Sample Preparation kits (貨號56-1010/-1050/-1200) 適合手動DNA抽提
這些DNA抽提試劑盒已經(jīng)過大量驗證,具體流程參見試劑盒說明書。另外Venor®GeM qEP kit包含的內(nèi)控DNA對照,也用于驗證DNA抽提步驟(內(nèi)控原理:已知濃度的細胞,包含內(nèi)部控制DNA序列,該序列不和現(xiàn)有的任何有機體序列同源,對檢測的DNA樣品干擾極小。在DNA提取前,將該內(nèi)控細胞和樣品一起加入細胞裂解液中,被一起提取出來。和靶點樣品一起進行熒光定量PCR實驗,內(nèi)控DNA序列的成功擴增提示靶點DNA的提取成功)。
二、試劑制備與PCR
另外,下列儀器已經(jīng)通過PCR反應(yīng)驗證:
三、結(jié)果分析
FAM通道檢測支原體熒光信號。依據(jù)DNA標準曲線和Ct值定量。具體步驟需參考具體qPCR 儀及軟件的功能。我們推薦對包括對照在內(nèi)的每個樣品的擴增曲線進行評估。
Ct<40為陽性結(jié)果。Ct≥40為陰性結(jié)果。支原體DNA和內(nèi)控DNA存在信號的競爭性抑制。支原體DNA越多,F(xiàn)AM通道信號越高,檢測內(nèi)控對照的HEX通道信號越低。
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